Kemal Alemdaroğlu'nun rektör seçilmesinin ardından İstanbul Üniversitesi sürekli gerilim içinde yaşadı. Cerrahi kişiliğini yönetim anlayışına da yansıtan Alemdaroğlu 'yeniden yapılanmaî olarak nitelediği politikalardan kaynaklanan sorunları çözmekte operasyonel davranmayı yeğledi. Bilimin üretildiği özgür bir ortam olması gereken üniversite camiasında bu yaklaşım tepkiyle karşılandı. Kemal Alemdaroğlu'nun uzlaşmaz kişiliği ve 'ben ne dersem o olur' mantığıyla hareket etmesi yönetim krizine neden oldu. Oysa Kemal Alemdaroğlu rektör seçildiğinde üniversitede katılımcı bir yönetim tarzı tesis edececeğini vaat etmişti. Ne var ki yaşanan gelişmeler tam tersini doğrular nitelikteydi. Bölümlerin kapatılmasından kütüphanelerin kaldırılmasına, kadro vermekten bütçenin kullanılmasına, neler konuşulması gerektiğinden nasıl giyinilmesi gerektiğine kadar bütün konularda Alemdaroğlu tek söz sahibi oldu. Önceki dönemlerde dekanların kullandığı ita yetkileri rektör tarafından kullanılmaya başlandı. Alemdaroğlu'nun yönetim tarzından en fazla rahatsız olanlar arasında liberal, solcu, kemalist öğretim üyeleri de yer alıyordu.

Hukuk'ta Tanör krizi

Alemdaroğlu'na yönelik tepkilerin en önemli nedeni çeşitli fakültelerdeki 6 uygulama ve araştırma merkezi ile 7 bölümün kapatılmasıydı. TÜSİAD'a hazırladığı "Türkiye'de Demokratik Standartların Yükseltilmesi" raporu nedeniyle Hukuk Fakültesi Öğretim Üyesi Prof. Bülent Tanör hakkında disiplin soruşturması açılması Alemdaroğlu ile solcu öğretim üyelerini karşı karşıya getirdi. Tanör, Azerbaycan'daki darbe girişimine katıldığı ileri sürülen Dr. Ferman Demirkol'un Anayasa Hukuku kürsüsüne atanmasına karçı çıkmıştı. Cumhuriyet gazetesi bile Demirkol'u derslere soktuğu için Alemdaroğlu aleyhinde haber ve yorumlara yer veriyordu.Tanör, TÜSİAD için YÖK Başkanı Kemal Gürüz'ün de içinde bulunduğu 150 öğretim üyesinin araştırma yaptığını belirtiyor, araştırma karşılığında alınan ücretin döner sermayeye yatırılması için, yönetmeliklere göre özel kuruluşun üniversiteye başvurusundan sonra üniversitenin birini görevlendirmesi gerektiğini belirterek, "İÜ Rektörlüğü bağımsız olarak yaptığım araştırma sonucu aldığım telif ücretini döner sermayeye yatırmadığım gibi bir bahane ile beni ihraç etmek istiyor" diyordu. Rektörlük Tanör'ün öğretim üyeliği mesleğinden çıkarılması için YÖK'e başvurdu. Ne var ki Prof. Tanör, YÖK kararı çıkmadan önce yaşamını yitiriyordu.

İlk istifa Çapa'dan geldi

Alemdaroğlu'nun dekanlara ait ita yetkilerini kendi uhdesine almasına ilk tepki Çapa Tıp Fakültesi'nden geldi. Rektörlük seçimlerinde Alemdaroğlu'nun en güçlü rakibi olan Çapa Tıp Fakültesi'nin sevilen dekanı Prof. Mesut Parlak, dekan yardımcıları ve üç ana bilim dalı başkanı topluca idari görevlerinden istifa ettiler. Hekim Forumu adlı dergiye konuşan Prof. Parlak, Alemdaroğlu ile yönetim anlayışı uyuşmadığı için istifa ettiğini belirterek, "Sayın Alemdaroğlu Rektör seçilmeden önce 'yerinden yönetim' demişti. Biz de bunu Fakültelere özerklik şeklinde anlamıştık. Denetim olacak tabii, ama yetkilerin fakültelerde olmasını anlamıştık. Oysa uygulama tam tersi oldu. Bütün ita yetkileri Rektörlükte toplandı" diyordu. Prof. Parlak, mevcut yasal düzenlemelerin antidemokratik ve son derece merkeziyetçi bir yönetimi olanaklı kıldığını ifade ediyordu.

İsyan Hukuk'a sıçradı

Nisan 1999'da Alemdaroğlu'nun Üniversite Senatosu'na getirdiği öneriyle, üniversitenin eğitim sistemi baştan başa değiştirildi. Eğitimi yeniden düzenleyen bu karar fakültelere danışılmadan baskın bir oylama ile Senato'dan geçirildiği belirtiliyor. Haziran 1999'da Senato kararını içlerine sindiremeyen Hukuk Fakültesi Kamu Hukuku Bölüm Başkanı Prof. Dr. Çetin Özek, Anayasa Hukuku Anabilim Dalı Başkanı Prof. Dr. Bülent Tanör, Genel Kamu Hukuku Bölüm Başkanı Prof. Dr. Cemal Bali Akal idari görevlerinden istifa ediyordu. Solcu kişilikleriyle bilinen öğretim üyelerine Hukuk Fakültesi Senatörü Prof. Dr. Ünal Tekinalp, Hukuk Fakültesi Dekanı Prof. Dr. Aysel Çelikel'in yanı sıra Hukuk Fakültesi'nin 6 kişilik yönetim kurulu idari görevlerinden istifa ederek katıldılar. Böylece iki haftada 11 öğretim üyesinin istifasıyla Hukuk Fakültesi idaresi boşalıyordu.

Prof. Aysel Çelikel istifaların yasadan kaynaklanan rektörlerin olağanüstü yetkilerine karşı yapıldığını ifade ediyordu. Alemdaroğlu ile aralarında kesinlikle ideolojik bir anlaşmazlık olmadığını vurgulayan Prof. Bülent Tanör sorunun uygulamalardan kaynaklandığını belirterek, "Atatürkçülüğün simsarlığını yapıyor. Geceleri elde fenerlerle rap rap yürüyüşler, marşlar söylemeler. Sanki müsamere gibi. 10. Yıl Marşı'nı çok severim ama onun yüzünden söyleyemez oldum" diyordu. Prof. Çetin Özek'e göre Alemdaroğlu YÖK'ü de aşmıştı, adeta 'YÖK içinde YÖK'tü. Alemdaroğlu'nun kendisini Terörle Mücadele Yasası'nın 8. maddesini eleştirmesine karşı çıktığını belirten Özek, "Ben onun safra kesesini nasıl kestiğine karışmıyorum ama o bizim herşeyimize karışıyor." diyordu. Özek şöyle konuşuyordu: "Bize yaptığı muameleye 12 Mart döneminde 9 ay hücrede yattığım dönemde rastlamadım. Dekan'ın istifa ettiği gün Fakültenin Akademik Kurulu'nu toplayacaktık ki, Alemdaroğlu toplantı odasının anahtarını alıp gitti. Koridorda kaldık. O gün koridorda ağladım. Bir de hakkımızda bir bildiri yayınlandı. Şerefsizin biri yazmış. Biz vatan hainiymişiz. Hangi şerefsiz, bunu yaptıysa çıksın adını açıklasın. Beni en çok etkileyen bu iki şey oldu".

Çelikel: Onurum kırıldı

Prof. Aysel Çelikel ise, "Geldiği günden itibaren yönetim anlayışı benim demokratik anlayışımla hiç bağdaşmadı. Alemdaroğlu'nun görev yaptığı bir buçuk yıldır benim gerçekten onurum kırıldı. Toplantılarda onun görüşüne, kararına karşı gelirseniz çok sert bir tepkiyle karşılaşırsınız. Yüzünün ifadesi değişir ve sesini perde perde yükseltir. Kendisinin cumhuriyeti, laikliği, Atatürkçülüğü savunan vatansever bir kişi olduğunu sert bir üslupla vurgulayarak ortamı konuşulamaz hale getirir. Siz ise suçlanıyormuş gibi bir duyguya kapılır, söz aldığınıza pişman olursunuz" şeklinde konuşuyordu. İstifaların Yüksek Öğrenim Kanunu'ndan kaynaklanan rektörlerin olağanüstü yetkilerine karşı yapıldığını ifade eden Çelikel, "Umarım iktidarda olanlar da yasanın tek elden yönetim modeline son verirler" diyerek şöyle devam ediyordu: "Hareket Alemdaroğlu'nun uygulamalarından kaynaklanmıştır; ama kökeninde yüksek öğrenim kanunu vardır"

Karşı çıkan İkinci Cumhuriyetçi oluyor

İstifacılara karşı Alemdaroğlu'nu destekleyen bir bildirinin kaleme alınması gerginliği daha da artırdı. Bildiride istifacılar İkinci Cumhuriyetçilikle itham ediliyordu. Prof. Aysel Çelikel imzasız bildirinin Cerrahpaşa Tıp, Orman, Fen gibi fakültelerde dekanların isteği üzerine öğretim üyelerine imzalattırıldığını belirterek, "Bugüne kadar üniversitemizde pek çok olay oldu ama öğretim elemanlarını siyasi düşüncelerinden ötürü suçlayan, onlara vatan hainliği elbisesi giydiren bir bildiri hiç yayımlanmadı. Bana 27 Mayıs'tan önceki Vatan Cephesi'ne katılanların bildirisini anımsattı bu. Bizi adeta vatan hainliğiyle suçluyorlar. Vatanseverlik, Atatürkçülük, laiklik kimsenin tekelinde değildir oysa. Bana kimsenin böyle bir suçlamada bulunmaya hakkı yok, inandırıcılığı da yok. Balyoz harekâtıyla laikliği savunamazsınız" şeklinde konuşuyordu.

SBF Dekanı da dayanamadı

İstifalara SBF Dekanı Prof. Ali Ülkü Azrak da katıldı. Depremde hasar gören üniversite binalarında öğrenime başlanması nedeniyle istifa ettiğini belirten Azrak, "Depremin ciddi hasarlara yol açmasına karşın, fakülte organlarına sorulmadan bir emir ile öğrenime alelacele başlanması ve tehlikeye işaret eden uzman raporlarının hiçe sayılması tüm akademik kurallara aykırıdır. Ne yazık ki bu koşullar altında istifa etmek zorunda kaldım" diyordu. Azrak üniversitedeki merkezi, otoriter ve baskıcı yönetim anlayışının çok sayıda öğretim üyesinin istifasına yol açtığını kaydederek, üniversitede öğretim ve sınav sisteminde kötü sonuçlar doğuracak uygulamalara gidildiğini belirtiyordu.

Böylesi görülmedi

İstifacılara 2002'de İstanbul Üniversitesi Tıp Fakültesi Nöroloji Anabilim Dalı Başkanı Prof. Dr. Gençay Gürsoy da katıldı. Gürsoy, İstanbul Tıp Fakültesi Nöroloji Anabilim-dalı'ndaki nöbet sisteminin bölümün görüşleri alınmadan değiştirilmesine tepki gösteriyordu. "Alemdaroğlu ileri sürdüğüm hiçbir argümanı dikkate almadı ve bu kararın zaten verilmiş olduğunu söyleyerek, 'Bunu uygulayacaksınız' dedi" diyen Gürsoy "40 yıllık öğretim üyesiyim, böyle bir yönetim sistemi görmedim" diyordu. Gürsoy "Rektörlük seçimlerinde kendisine muhalif olan öğretim üyelerine olumsuz sicil verildi. Sonuç olarak öğretim üyelerinde egemen olan hava, rektöre muhalefet ederseniz başınıza dert açılır" diyordu. Kanser tedavisinde önemli roller oynayan ve toksin etkisi yapmayan kimyasal bileşenleri ortaya çıkaran Prof. Fikret Baykut'un çalıştığı Biyomedikal Mühendislik Uygulama ve Araştırma Merkezi kapatıldı. Baykut, "Alemdaroğlu rektör olur olmaz bir adamını gönderdi ve 'Özel eşyalarını alsın ve çekip gitsin. Ben orayı kapatıyorum.' dedi. Arkasından da senatodan kapatma kararı çıktı" diyordu. "Alemdaroğlu rektör seçilmeden önce bana oy versin diye geldiler. Ben de 'Alemdaroğlu'na oy vermem.' dedim. Çünkü bilimi faydasız görüyor" diyen Prof. Baykut, "Oy vermedim diye kapattı. Ben de evime çekildim" şeklinde konuşuyordu.

Devrim değil dayatma

Sorun sadece Hukuk Fakültesi ile sınırlı değildi. Siyasal Bilgiler Fakültesi ve İktisat Fakültesi de karışıyordu. Alemdaroğlu'nun 'devrim', muhaliflerin ise 'dayatma' olarak nitelediği uygulamalar sonucunda İktisat ve Siyasal Bilgiler Fakültesi'ndeki bazı bölümler birleştirme adı altında kapatıldı. Olay, İktisat ve Siyasal'da çok sayıda öğretim üyesinin idari görevlerden istifasıyla sonuçlandı. İstifacılardan SBF Maliye Bölümü Başkanı Prof. Burhan Şenatalar, rektörü dayatmacılıkla suçladı. Bir radyo programında konuşan Prof. Şenatalar bölümlerin birleştirilmesi konusunun tartışılmadan ve gündem maddesi olarak alınmadan Senato'da alelacele oylanarak geçirildiğini, Rektör'ün dediğinin aksine 'çekimser oy'ların 'kabul' değil 'ret' sayılması gerektiğini savunurken, Alemdaroğlu, "Ben yeniden yapılanma kararını bütün fakültelere söyledim" diyordu. Veterinerlik'ten Prof. Tahsin Yeşildere de Alemdaroğlu'na "Bunları kabul etmezseniz kadro da yok, para da yok dediniz, baskı yaptınız. Düşüncenize karşı gelen şeyler karşısında susturuluyoruz" diyordu. Eleştirilere karşılık veren Alemdaroğlu "Olayları çarpıtıyorsunuz. Her şey fakülte kurullarında sonuna kadar tartışıldı. Yani her zaman sizinkiler doğru, benimkiler yanlış mı olacak? Demokrasilerde oy çokluğu vardır" şeklinde cevap veriyordu.

"Değişime ayak uyduramadılar"

İktisat'da 4 bölümün kapatılmasıyla başlayan kriz fakülte yönetim kurulu üyelerinin ardından Dekan Prof. Münir Kutluata'nın istifasıyla devam etti. Prof. Kutluata, üniversitede yaşanan huzursuzlukların öğrencisi ve öğretim üyesi ile İktisat Fakültesi'nin öğretim ve akademik çalışma huzurunu olumsuz etkilediğini belirterek, "Fakültemizin 4 önemli bölümü hiçbir bilimsel gerekçeye dayandırılmadan ve hiçbir demokratik platformda savunamadığımız yöntemlerle kapatılması doğuracağı sonuçlar açısından daha da vahimdir. Bölümlerin kapatılmasıyla iktisat eğitimi işletme ve siyaset biliminden kopartılmaya çalışılmaktadır. 3 Ekim 1998'den itibaren fakültenin hiçbir özlük işlemleri yürütülmemektedir" dedi. Rektör yardımcısı Prof. Nur Serter'e göre fakülte yönetimi yeniden yapılanma sürecine ayak diretmişti. Serter, "Değişime ayak uyduramayacak öğretim üyeleri istifa ediyor" diyordu.