Agos Gazetesi Genel Yayın Yönetmeni Dink'in 19 Ocak 2007'de öldürülmesinden 7,5 yıl sonra kamu görevlilerinin soruşturmaya dahil edilmesi, cinayet ile Paralel Devlet Yapılanması arasındaki bağlantıyı ortaya çıkardı. Soruşturma, dosya “25 Aralık soruşturmasında usulsüzlükler yaptığı” gerekçesiyle meslekten ihraç edilen Muammer Aktaş'tan yeni savcılara verilince hız kazandı.
Elde edilen yeni deliller ile cinayetin faili Ogün Samast ve diğer kamu görevlilerinin alınan ifadelerinde işaret ettiği, ''Paralel Devlet Yapılanması'' soruşturmalarının şüphelileri Ramazan Akyürek ve Ali Fuat Yılmazer ''tasarlayarak öldürmeye yardım etmek” suçundan tutuklandı. Dönemin İstihbarat Daire Başkanı Yılmazer'in tutuklama kararında, Yılmazer tarafından oluşturulan ve o tarihte yasal olmayan “C-5” isimli gizli birimin, Dink, Rahip Santora ve Zirve Yayınevi cinayetleri, Ergenekon, Balyoz ve diğer önemli tüm olaylara baktığı vurgulandı.
