Cinayetle ilgili soruşturmalar Asayiş Şube Müdürlüğü, Narkotik Suçlar Şube Müdürlüğü, Organize Suçlar Şube Müdürlüğünü, İstihbarat Şube müdürlüğü ve Terör Şube Müdürlüğü ekipleri tarafından ortak sürdürülüyor.
Cinayetle ilgili yapılan çalışmalarda şu ana kadar yüzlerce saatlik görüntü incelendi. İstinye'deki saldırının meydana geldiği yer ile saldırganların olayda kullandığı otomobili terk ettikleri bölgenin de aralarında bulunduğu görüntülerden, saldırıyı yapan kişilerin eşkalleri belirlendi.
Vedat Şahin ile Ferdi Topalın öldürülmesi, Enver Aydının da yaralanmasıyla sonuçlanan Nişantaşı'ndaki saldırının, İstinye'deki saldırıyla bir ilgisinin bulunup bulunmadığı da araştırılıyor. Ancak yapılan ilk incelemelere göre, henüz iki olay arasında bir bağ bulunmadığı öğrenildi.
Öte yandan Ali Ekber Akgünün içinde öldürüldüğü lüks otomobilin Kireçburnunda bulunan bir danışmanlık şirketi adına kayıtlı olduğu öğrenildi. Yapılan incelemede Ali Ekber Akgünün Türkiyede bir ticari faaliyetinin bulunmadığı, Hollanda da birkaç kafe sahibi olduğu tespit edildi.
İstanbul''da yasadışı suç örgütüne yönelik gerçekleştirilen operasyon kapsamında aralarında Sedat Şahin ve Vedat Şahin''in de bulunduğu yaklaşık 50 kişi gözaltına alındı. Operasyon İstanbul Organize Suçlarla Mücadele Şube Müdürlüğü tarafından sabah erken saatlerde İstanbul genelinde gerçekleşti. Operasyon kapsamında daha önce ifadesi alınan Seda Üren de gözaltına alındı. Üren''in menajeri ile çıkan anlaşmazlıktan dolayı Sedat Şahin ile irtibata geçip menajerini tehdit ettirdiği iddia ediliyordu. Sedat Şahin, CMK 102. Maddesinin yürürlüğe girmesiyle dört ay önce serbest kalmıştı. Operasyon kapsamında gözaltına alınan şüpheliler sağlık kontrolünün ardından Organize Suçlarla Mücadele Şube Müdürlüğü''ne gönderildi. Baskınlar çerçevesinde çok sayıda silah ele geçirildi.
Sedat Şahin liderliğindeki organize suç örgütüne yönelik yürütülen soruşturmada, 108 şüpheli hakkında rekor cezalar istendi. İddianamede Sedat Şahin ve kardeşi Vedat Şahin için 100 yılı aşkın ceza talep edildi.