Ümraniye'de bir gecekonduda bulunan Makine Kimya Endüstrisi (MKE) yapımı bombalarla Cumhuriyet gazetesine atılan bombaların aynı seriden olduğunun anlaşılması üzerine Genelkurmay Askeri Başsavcılığı harekete geçti. Savcılık, Kara Kuvvetleri Komutanlığı'ndan (KKK) bombaların kışla dışına nasıl çıkarıldığının araştırılmasını ve sorumlular hakkında gerekli işlemlerin yapılmasını istedi.
Danıştay davası sanıklarından Süleyman Eser'in avukatı Mehmet Ener'in geçen hafta yaptığı başvuru üzerine harekete geçen askeri savcılık, KKK'ya yazı yazarak, söz konusu patlayıcılarla ilgili sorumluluğu bulunanların tespit edilerek, haklarında yasal işlemin yapılmasını talep etti. Askeri başsavcılığa verdiği dilekçede, Ümraniye'de ele geçirilen el bombaları ile Cumhuriyet gazetesine atılan bombalara ait seri numaraların aynı olduğunu öne süren Avukat Ener, MKE tarafından KKK'ya teslim edildiği anlaşılan ve envanterde gözüken bombaların araştırılmasını talep etmişti. Ener, dilekçesinde Süleyman Esen'in askerlik görevini yaptığı Tuzla Piyade Okulu Foça Jandarma ve Şırnak Bağlıca Jandarma Sınır Tabur Komutanlığı'nda tapa numaraları bildirilen el bombalarının zimmetlenip zimmetlenmediğinin ve bombaların askeriyeden dışarı çıkaranların bulunmasını istemişti.
Danıştay tetikçisi Alparslan Aslan'ın Cumhuriyet gazetesine yönelik saldırılarda da kullandığı bombaların Ümraniye'de ele geçirilenlerle aynı seriden olduğu anlaşılmıştı. Bombalarla ilgili tutuklanan eski askerler Muzaffer Tekin ve Oktay Yıldırım'ın da aralarında bulunduğu 14 kişinin ilişkilerini takibe alan polis Ergenekon terör örgütüne yönelik operasyon başlattı. Bombaların da bu örgüte ait olduğu belirlendi.
Ümraniye'de ele geçirilen ve Ergenekon örgütünün çözülmesinde önemli bir yere sahip olan 27 el bombası, mahkeme kararı ile imha edildi. 13 Haziran 2007'de ele geçi-rilen bombalarla ilgili Kriminal Şube Müdürlüğü'nden 4 uzmanın hazırladığı analiz raporunda bombaların imha edilmesi gerektiği belirtildi. İstanbul Emniyet Müdürlüğü ve Cumhuriyet Başsavcılığı da patlayıcılarla ilgili incelemelerinin ardından İstanbul 10. Ağır Ceza Mahkemesi'nin kararı ile bombalar imha edildi. Ayrı ayrı yapılan imha neticesinde Muzaffer Tekin'in 'hurda' dediği bombaların etkili bir şekilde patladığı belirtildi.
