O smanlı deniz tarihi çalışmalarında, imparatorluğun 15 ve 16. yüzyıllarda sahip olduğu güç nedeniyle bu iki yüzyıldaki zaferlere sıklıkla yer verilmesine rağmen 17. yüzyıl ile ilgili sınırlı sayıda kaynak vardır. Söz konusu eserlerin de daha çok popüler kültür yayınları olması nedeniyle özellikle arşive dayalı bilimsel çalışmaların sayısı oldukça azdır. Yusuf Alperen Aydın tarafından İstanbul Üniversitesi Tarih Anabilim dalında doktora tezi olarak hazırlanan Sultanın Kalyonları adlı eser, bu alandaki çalışmalara önemli bir katkı sağlayacak nitelikte. Aydın, 1700-1770 yılları arasındaki Osmanlı donanmasının değişimini, kadırgadan kalyona geçiş özelinde derin bir literatür araması ile incelemiş. Küre Yayınları tarafından okurla buluşturulan kitap, titiz bir çalışmanın ürünü.
Gerileme dönemine denk gelen, kayıp yüzyıl olarak da bilinen 18. yüzyıl başlarından itibaren Osmanlı donanması ciddi bir değişim içine girmiştir. Değişimden gemiler nasibini fazlasıyla almış ve kürekli gemilerden (kadırga) yelkenli gemilere (kalyon) geçilmiştir. Bu tarihten sonra kalyon artık Osmanlı donanmasının ana savaş gemisi konumuna gelmiş ve gücünü uzun yıllar korumuştur. Yusuf Alperen Aydın, Sultanın Kalyonları adlı çalışmasında, bu süreci etraflı bir şekilde ele alıyor.
Kitabın ilk bölümünde 18. yüzyılın özellikle ilk çeyreğinde Osmanlı donanmasındaki değişim ve dönüşüme dikkat çekiliyor. Bu bölümde donanmanın yeniden yapılanmasının hangi şartlarda gerçekleştiği incelenirken değişimin öznesi olan kalyonlar ön plana çıkarılıyor. İkinci ve üçüncü bölümde, donanmadan kalyona geçilmesine karar veren devletin, bu yeni savaş enstrümanını inşa etmek ve daha da önemlisi kullanmak için gerekli malzemeyi kendi imkânlarıyla nasıl ürettiği inceleniyor. Üçüncü bölümde, hasıl olan bu yeni ihtiyaca karşı halkın sergilediği tavır ve kalyon inşa ve teçhiz malzemeleri ile bunların hangi şartlarda nerelerden elde edildiği değerlendiriliyor. Dördüncü ve son bölümde ise kalyonların inşa gayeleri olan deniz savaşlarına, personel ve mühimmatıyla nasıl hazır hale getirildiği ve bunun yanı sıra donanmanın savaş dışında ifa ettiği diğer görevler ele alınıyor.
Kitapta, Avrupa ülkelerinin donanmalarında, yüksek bordalı, yelkenli savaş gemilerinin Akdeniz'de boy göstermesiyle binlerce yıllık geleneğe sahip kürekli geminin (kadırga), kendi sularında egemenliğini yitirişi ve bu durumun sonuçları ayrıntılı bir biçimde irdeleniyor. Osmanlı, kalyonların meydan okumasına hemen cevap veremese de, 17. yüzyılın ikinci yarısından itibaren düğmeye basılıyor. Geçiş iki aşamada gerçekleşiyor. 1650 – 1662 seneleri arasındaki birinci aşama deneme mahiyetinde olup bu dönemde kadırgaya geri dönülüyor. 1682'de başlayan ikinci aşama ise kalyon dönemini kalıcı kılıyor.
Kalyona geçişte tıpkı Türkiye'nin ilk otomobilini üretme serüveninde olduğu gibi aksilikler yaşanıyor. Sultanın Kalyonları'nda bu sancılı sürece ilişkin ayrıntılar da mevcut; "1648'de Veziriazam Melek Ahmed Paşa'nın 1651'de inşa ettirdiği 45 metre boyundaki kalyon suya indirilince yan yatıp su alır. Bu durum, geçiş sürecini sekteye uğratmıştır." Daha sonra yapılan kalyonların da Venedik donanmasına karşı başarısız olması tekrar kadırgalara dönülmesine sebep oluyor. Merzifonlu Kara Mustafa Paşa'nın Kaptan-ı Derya oluşuyla birlikte 1682 yılında "10 kalyon inşa edilme" emri veriliyor ve kalyona geçiş resmi ve kalıcı olarak gerçekleşiyor.
