Hrant Dink'in öldürülmesine ilişkin yürütülen soruşturma kapsamında, 'Emniyetteki Paralel Yapı' operasyonundan tutuklu bulunan dönemin İstihbarat Daire Başkanlığı C Şube Müdürü olan Ali Fuat Yılmazer tutuklandı.
Agos Gazetesi Genel Yayın Yönetmeni Hrant Dink'e 19 Ocak 2007'de düzenlenen suikasta ilişkin Savcı Gökalp Kökçü tarafından yürütülen soruşturmada, Ali Fuat Yılmazer 2. kez şüpheli sıfatıyla ifade verdi. Yılmazer, ifadesi alınmak üzere tutuklu bulunduğu Silivri Cezaevi'nden Çağlayan'daki İstanbul Adliye Sarayı'na getirildi.
Savcı Kökçü, ifadesinin ardından Yılmazer'i tutuklaması istemiyle nöbetçi İstanbul 5. Sulh Ceza Hakimliği'ne sevk etti. Hakimlikte ifadesi alınan Yılmazer'in ''suç işlemek amacıyla örgüt kurmak'' ve ''tasarlayarak öldürmeye yardım etme'' suçlarından tutuklanmasına karar verildi. Yılmazer, cinayet döneminde, Emniyet Genel Müdürlüğü İstihbarat Daire Başkanlığı'nın azınlıklara bakan C Şubesi'nin Müdürü olarak görev yapıyordu.
Dink cinayetinde 'ihmal' iddiaları nedeniyle 9 kamu görevlisi hakkında soruşturma açılmıştı. Soruşturmada emniyet görevlileri Muhittin Zenit, Özkan Mumcu ve Ercan Demir, 'cinayette ihmalleri olduğu' gerekçesiyle, eski Emniyet İstihbarat Daire Başkanı Ramazan Akyürek de 'ihmalle ölüme sebebiyet' suçundan tutuklanmıştı. Yılmazer'le tutuklu sayısı 5'e yükseldi.
Dink soruturması kapsamında Silivri Cezaevi'nde tutuklu bulunan eski Emniyet Müdürü Ramazan Akyürek, Ankara merkezli “usulsüz dinleme" soruşturmasında görüntülü sistemle ifade verdi. Savcılık ifadenin ardından Akyürek'in “suç örgütü kurmak ve yönetmek" ve “resmi belgede sahtecilik" suçlarından tutuklamasını talep etti. Mahkeme ise tutuklama istemini reddetti.
