Sadece Adalet Bakanlığı’nın yürüttüğü hizmetler değil, kolluk kuvvetlerin yürüttüğü hizmetlerden, dosyaların Yüksek Yargı mercilerine temyize gitmesi aşamasına kadar olan süreçlerin tamamı UYAP'tan gerçekleştiriliyor. UYAP’ın olduğu yargı ve bakanlıkların bilgi ve belgeleri, elektronik ortamda tek bir yerde tutuluyor, böylece bilgi ve belgelerde tutarlılık sağlanıyor. Bu nedenle UYAP'taki bilgilerin paralel yapının eline geçmesi ulusal güvenlik açısından da ciddi bir tehdit.
Yargı sistemi içindeki birimler arasında yazışmalar UYAP üzerinden yapılıyor. Görevsizlik, yetkisizlik ve birleştirme gibi nedenlerle başka yere gönderilmesi gereken dosyalar elektronik ortamda anında gönderilebiliyor. Bugün UYAP Türkiye’de yargı birimlerinin neredeyse tamamında işletimde olup, her türlü yargısal ve idari faaliyetler bu sistemle elektronik ortamda yürütülüyor. 2001'de UYAP I projesi, 2005'te ise adli ve idari yargı birimleri, adli tıplar, ceza tevkif evlerinin otomasyonunu kapsayan UYAP II faaliyete geçmişti.
Paralel yapı, kendi kontrolündeki UYAP’taki açığı bildiği için 17-25 Aralık darbe girişimine zemin hazırlayan operasyon bilgileri gizli tutarak UYAP’a kaydetmemişti. Buna rağmen devletin operasyonu önceden haber aldığı anlaşılınca da darbe girişimi erkene alınmıştı. HSYK’nın yürüttüğü soruşturma kapsamında açığa alınan ve geçtiğimiz hafta HSYK 2. Dairesince yargılanmasına karar verilen 25 Aralık darbe girişimi savcısı Muammer Akkaş’a yöneltilen suçlamalardan birisi de şuydu: “Aynı dosyada şüpheli olarak hakkında iletişimin tespiti ve kayda alınması ile teknik ve fiziki takip kararı aldığı kişilerin isimlerini UYAP’a kaydettirmediği, gözaltı kararı aldığı 25 Aralık 2013 tarihine kadar şüpheli hanesine ‘bilinmiyor’ Şeklinde ibare yazıldığı belirlendi.” HSYK 2. Dairesi tarafından aynı şekilde yargılanmasına karar verilen 17 Aralık darbe girişimi savcısı Celal Kara da şüphelilerin isimlerini UYAP’a kaydetmemişti.
Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı’nın 2009-2013 yılları arasında sahte isimler üzerinden terör örgütleriyle ilişkilendirilerek dinleyen 3’ü TİB personeli 54 şüpheliye yönelik yürüttüğü soruşturmada çok gizli hareket edilmişti. Soruşturmaya ilişkin emniyetten sadece bir kişi bilgilendirildi ve ve söz konusu emniyet görevlisi bütün çalışmaları yürüttü. Ayrıca operasyona ilişkin talimat yazısı sabaha karşı saat 5’te yani operasyondan kısa bir süre önce UYAP üzerinden gönderildi. Bu sayede operasyona ilişkin bilgilerin sızmasının önü kesilmiş oldu. Emniyetteki paralel yapı aracılığıyla bütün operasyona ilişkin bilgileri Twitter hesabından ifşa eden Fuat Avni ise operasyon ile ilgili bilgi aktaramamıştı.